Никита Емельянов начал профессиональную карьеру в клубе «Калуга», выступая в российской Суперлиге.

МФК «Тюмень» (2016): Он присоединился к клубу МФК «Тюмень» в 2016 году и провёл за команду 52 матча, забив 9 голов. В составе «Тюмени» он стал серебряным призёром чемпионата России в 2021 году.

Позднее Емельянов перешёл в новосибирский клуб «Сибиряк», где также продолжил свою карьеру. В составе «Сибиряка» он провёл 66 матчей, забив 30 голов и отдав 32 результативные передачи.

В феврале 2025 года Емельянов подписал контракт с казахстанским клубом «Семей» на правах аренды до конца сезона. Это соглашение стало возможным благодаря договорённости между «Семей» и «Сибиряком».